Microbiote – Le monde de l’intérieur

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Alain Welter

Saviez-vous qu’environ 1,5 kg de microbes, correspondant à plus de 1000 espèces différentes, vivent dans notre système digestif ? Non seulement ils vivent à l’intérieur de notre organisme, mais ils ont aussi un profond impact sur notre santé. Lorsque tout va bien, les différents types de microorganismes cohabitent en équilibre. Mais si certaines bactéries deviennent plus abondantes que d’autres, l’équilibre est rompu et des problèmes peuvent apparaître. Au LCSB, nous voulons comprendre comment ce genre de déséquilibre peut entraîner différentes maladies et identifier les microbes responsables.

Qui est là ? Qui fait quoi ?

La première étape est de savoir si la composition de la communauté bactérienne de l’intestin change au cours d’une maladie. Pour cela, l’équipe du professeur Paul Wilmes collecte des échantillons de selles de patients et de personnes en bonne santé. À partir de ces échantillons, les chercheurs peuvent identifier quelles bactéries sont présentes dans l’intestin de chacun et en quelle quantité. Ils ont récemment montré qu’il existe des différences frappantes entre les bébés nés par césarienne et ceux nés par voie naturelle : la flore intestinale (aussi appelée microbiote intestinal) se développe différemment chez les bébés nés par césarienne, avec à long terme un impact sur leur système immunitaire. Cela démontre que le contact avec les bactéries présentes dans les voies génitales de la mère joue un rôle important dans la santé du bébé. Une information à prendre en compte avant de choisir la césarienne lorsqu’il n’y a pas de raison médicale particulière.

Microbiome dysbiosis / Linda Wampach
© Linda Wampach

L’information contenue dans nos selles sur les microbes de notre intestin pourrait aussi aider au diagnostic, y compris pour des maladies dont le siège semble très éloigné de l’intestin. Dans le cas de la maladie de Parkinson par exemple, dès les stades précoces, avant même que les symptômes moteurs ne soient visibles, les patients présentent déjà une flore intestinale avec une composition différente de celle des gens en bonne santé.

De la même façon, des différences dans la composition de la communauté microbienne ont été observées chez les patients souffrant de diabète de type 1. Dans ce cas-là, nos chercheurs ont également montré des changements au niveau fonctionnel, c’est-à-dire des différences dans l’activité des bactéries. Elles synthétisent moins de vitamine B1 dans l’intestin des diabétiques de type 1, ce qui explique certains des symptômes de ces patients.

Microbiome babier / Linda Wampach
© Linda Wampach

L’œuf ou la poule ?

Les exemples ci-dessus montrent que divers microbes sont présents en quantités différentes chez des patients touchés par des maladies distinctes. Ces changements dans la composition microbienne sont-ils à l’origine des maladies ou en sont-ils plutôt une conséquence ? La question est de savoir qui vient en premier, comme pour l’œuf et la poule. Pour y répondre, nos scientifiques ont développé HuMiX, un micro-intestin artificiel. Avec cette technologie, ils peuvent cultiver en laboratoire différents types de microbes avec des cellules intestinales humaines, et analyser en détail l’effet de ces microorganismes sur la santé du système digestif.

En utilisant HuMiX, nos chercheurs ont récemment montré l’importance des fibres dans le régime alimentaire pour les patients souffrant d’un cancer du côlon. Une combinaison de fibre alimentaires et de certains microbes de l’intestin a en effet permis de ralentir la progression du cancer dans des cultures cellulaires ! Cela confirme des travaux précédents qui avaient montré que, chez les souris, un régime alimentaire pauvre en fibre conduit à la destruction de la couche de mucus qui protège l’intestin et augmente ainsi le risque d’infection. Les fibres sont présentes dans les fruits et légumes ainsi que les céréales. Un régime alimentaire équilibré va donc non seulement maintenir la santé de votre intestin, mais peut aussi avoir un impact important sur votre santé en général !